沙巴州的航空交通十分便捷。目前，沙巴州有近 100 个直飞国际航班，连接吉隆坡、首尔（韩国）、香港和深圳（中国）、新加坡、雅加达（印度尼西亚）和台北（台湾）、克拉克和马尼拉（菲律宾）以及斯里巴加湾（文莱）等主要机场。